制藥廠所排出的污染物多屬于結構復雜、有毒、有害和生物難以降解的有機物質，對水體造成嚴重的污染。還呈明顯的酸、堿性，部分污水中含有過高的鹽分，屬于較為難處理的一種污水。
混凝法處理制藥廢水是目前國內外普遍采用的一種水質處理方法，它被廣泛用于制藥廢水預處理及后處理過程中。
制藥廢水絮凝劑的選擇時，無機高分子絮凝劑優于無機低分子鹽類絮凝劑。在無機高分子絮凝劑中。聚合硫酸鐵與聚合氯化鋁比較，聚合硫酸鐵的COD去除率更高，沉降速度更快；但因聚合硫酸鋁本身造色，其色度去除率不如聚合氯化鋁PAC。 制藥廠用聚合氯化鋁，主要用途是來處理制藥水中的雜質和污染物。聚合氯化鋁和聚合硫酸鐵與有機高分子絮凝劑配合能改善絮凝效果。在處理制藥廠廢水時，應先投加無機絮凝劑，再投加有機高分子絮凝劑。
另外，制藥廢水的水質特點使得多數制藥廢水單獨采用生化法處理根本無法達標，所以在生化處理前必須進行必要的預處理。根據制藥廢水的水質特點，在其處理過程中需要采用物化處理作為生化處理的預處理或后處理工序。
